Les premières migrations polynésiennes remontent à 1400 ans av JC.
Les espagnols furent les premiers européens à découvrir les îles Cook. Pedro Fernandes de Quiros débarqua à Rakahanga en 1606 et Alvaro de Mendaña à Pukapuka en 1595. Entre 1773 et 1777, le capitaine Cook a exploré de nombreuses îles. Quinze ans après son passage dans les îles, un cartographe russe (l’Amiral Johann von Krusenstern) publia l’Atlas de l’océan Pacifique dans lequel il baptisa l’archipel en l’honneur du Capitaine Cook.
Une fois l’archipel découvert par les Européens, les premiers missionnaires ont été envoyés dès 1821 (le révérend John Williams de la London Missionary Society à Aitutaki). Pendant cinquante ans, les missionnaires ont régné d’une main de fer en imposant leur doctrine. L’époque des missionnaires a laissé des traces sur l’archipel. De nombreuses charmantes églises ont été construites, mais de nombreuses coutumes ont disparu (certains marae ont été rasés, la transmission de légendes interdite, les objets de cultes étaient brulés…). Leur arrivée a également entraîné la propagation de maladies et le décès de près de 1000 personnes en 1830.
Le 19ème siècle amènera de profonds changements avec l’extension de la colonisation par les Britanniques. En 1888, Rarotonga devient officiellement un territoire d’outre-mer Britannique, dans le but d’éviter une invasion de la France. Les îles Cook étant un pays peu stratégique au niveau économique, les Britanniques acceptèrent l’annexion du territoire à la Nouvelle-Zélande à la demande du premier ministre néozélandais, Richard Seddon en 1901.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, plusieurs pistes d’atterrissage ont été construites par les américains à Penrhyn et Aitutaki. L’archipel demeura relativement épargné contrairement à certains de ces voisins. En 1965, les îles Cook devinrent un gouvernement indépendant.
Le premier ministre fut Albert Henry, il œuvra surtout dans les premières années de l’indépendance à l’unification du territoire.
Les années 90 ont été marquées par la crise financière due à des emprunts successifs et des mauvais investissements. En 1996, le plan de redressement mis en place aboutit au licenciement de 2000 fonctionnaires, soit 50% du service public (la population active était à cette époque de 20 000 habitants). Suite à cette crise, de nombreux habitants ont émigré en Nouvelle-Zélande et Australie à la recherche d’un emploi. Récemment, les îles Cook ont toujours un déficit important. Cependant, l’expansion du tourisme a permis au pays de maintenir son économie.
